Հոդվածներ     Կոնֆերանսների թեզեր       Գրքեր

  

Հոդվածներ

  1. Саргсян А. Г., Семирджян О. С., Пилоян С.В., Погосян А.Г., Шагинян А.А. “Исследование мезоморфизма жидкокристаллической системы пентадецилсульфоната натрия-вода под  влиянием температуры, методами  дифракции рентгеновских лучей и молекулярно-динамического моделирования” Ученые записки Ширакского Гос. Университета, Выпуск A, 2016, 1:93-100. PDF
  2. Poghosyan A.H., Arsenyan L.H., Shahinyan A.A., Koetz J. “Polyethyleneimine Loaded Inverse SDS Micelle in Pentanol/Toluene Media”, Colloids and Surfaces A: Physicochemical  and Engineering Aspects. 2016, 506(2):402-408. PDF
  3. Poghosyan A.H., Arsenyan L.H., Shahinyan A.A. “Shape of Long Chain Alkyl Sulfonate Micelle upon Salt Addition: A Molecular Dynamics Study”, Journal of Surfactants and Detergents. 2015, 18(5):755-760. PDF
  4. Պողոսյան Ա.Հ., Այվազյան Ն.Մ. “Խառը լիպիդային երկշերտի կառուցումը.Ուժային դաշտի մշակում”, Հայաստանի Կենսաբանական Հանդես, 2015, 67(5):96-98. PDF
  5. Poghosyan A.H.,Arsenyan L.H., Antonyan L.A., Shahinyan A.A., Koetz J. “Molecular dynamics simulations of branched polyethyleneimine in water-in-heptanol micelles stabilized by zwitterionic surfactants”, Colloids and Surfaces A: Physicochemical  and Engineering Aspects. 2015. 479:18-24. PDF
  6. Groda Y.G., Vikhrenko V.S., Poghosyan A.H., Hakobyan P.K., Arsenyan L.H., Shahinyan A.A.  “Conformation and Diffusion Properties of Polyvinyl Alcohol Polyvinylpyrrolidone Molecules”, New Electronic Journal of Natural Sciences.2015.1(24):60-67.PDF
  7. Պողոսյան Ա.Հ., “Երկսեր նյութ/ջուր համակարգի լամելային փուլի ուսումնասիրությունը մոլեկուլային դինամիկայի մեթոդով”, Հայաստանի Կենսաբանական Հանդես, 2014, 66(3):78-80. PDF
  8. Պողոսյան Ա.Հ., “Ալկիլսուլֆոնատ/ջուր համակարգերում, ջերմաստիճանից կախված, փուլային անցումների ուսումնասիրությունը մոլեկուլային դինամիկայի մեթոդով”, ՀՀ ԳԱԱ Զեկույցներ, 2014, 114(3):261-266. PDF
  9. Poghosyan A.H., Antonyan L.A., Arsenyan L.H., Shahinyan A.A. “Atomic level and Coarse-Grained Simulation of Long Chain Alkyl Sulfonate: Micelle Self-assembly”, Colloids and Surfaces A: Physicochemical  and Engineering Aspects2014, 462:99-106.PDF
  10. Poghosyan A.H., Arsenyan L.H., Shahinyan A.A. “Long-chain alkyl sulfonate micelle fission: a molecular dynamics study ”, Colloid and Polymer Science.  2014, 292(12):3147-3156.PDF
  11. Poghosyan A.H., Arsenyan L.H, Astsatryan H.V. “Dynamic Features of Complex Systems: A Molecular Simulation Study”, Modeling and Optimization in Science and Technologies. 2014, 2:117-121.PDF
  12. Шагинян А.А., Арсенян Л.Г., Погосян А.Г. “Молекулярно-динамическое исследование структуры и механизма образования молекулярных ассоциатов в водном растворе поверхностно активных веществ”. Известия Академии Наук, Серия химическая, 2013, 7(62):1519-1524. PDF
  13. Շահինյան Ա.Ա., Արսենյան Լ.Հ., Պողոսյան Ա.Հ. “Լիոտրոպ հեղուկ բյուրեղի հետազոտությունը համակարգչային փորձի օգնությամբ” , Գիտական Տեղեկագիր2013, 1:117-125. PDF
  14. Poghosyan A.H.,  Astsatryan H.V., Shahinyan A.A. “Parallel Peculiarities and Performance of GROMACS Package on HPC Platforms”. International Journal of Scientific and Engineering Research. 2013, 4(12):1755-1761. PDF
  15. Poghosyan A.H., Arsenyan L.H., Shahinyan A.A. “Molecular Dynamics Study of Intermediate Phase of Long Chain Alkyl Sulfonate/Water Systems”. Langmuir. 2013, 29(1):29-37. PDF
  16. Шагинян A.A., Акопян П.К., Погосян А.Г.  “Моделирование и молекулярно-динамическое исследование модели упрощенной асимметричной мембраны эритроцита человека при помощи компьютерного эксперимента ”.  Ученые  Записки ГГПИ 2013, 2:55-74. PDF
  17. Շահինյան Ա.Ա., Հակոբյան Պ.Կ., Ղարաբեկյան Հ.Ա., Պողոսյան Ա.Հ. “Բազմակոմպոնենտ ֆոսֆոլիպիդային երկմոլեկուլային շերտի մոդելավորումը և կառուցվածքի ուսումնասիրությունը մոլեկուլային դինամիկայի մեթոդով” , Գիտական Տեղեկագիր2012, 2(17):6-13. PDF
  18. Погосян А.Г., Арсенян Л.Г., Акопян П.К., Вихренко В. С., Грода Я. Г. “Конформационные особенности молекулы поливинилспирта”, Труды БГТУ2012, 6:48-50. PDF
  19. Shahinyan A. A. , Hakobyan P. K., Arsenyan L. H., Poghosyan A. H. ”The Study of Lyotropic Liquid Crystal Structure Using the Molecular Dynamics Simulation Method”, Molecular Crystals and Liquid Crystals, 2012, 561: 155–169. PDF
  20. Poghosyan A.H, Arsenyan L.H., Astsatryan H., Gyurjyan M., Keropyan H., Shahinyan A.A. “NAMD Package Benchmarking on the Base of Armenian Grid Infrastructure”. Communications and Network. 2012, 4:34-40. PDF
  21. Hakobyan P.K., Poghosyan A. H., and Shahinyan A. A. “The properties of glycophorin A transmembrane helices in erythrocyte asymmetric membrane: a molecular dynamics study”, The Journal of Atomic and Molecular Sciences (JAMS) 2011, 2: 281-288. PDF
  22. Poghosyan A.H., Arsenyan L.H., Gharabekyan H.H., Falkenhagen S., Koetz J., Shahinyan A.A. “Molecular dynamics simulations of inverse sodium dodecyl sulfate (SDS) micelles in a mixed toluene/pentanol solvent in the absence and presence of poly(diallyldimethylammonium chloride) (PDADMAC)”. Journal of Colloid and Interface Science, 2011, 358:175-181. PDF
  23. Aramyan S.A., Poghosyan A. H., Shahinyan A. A. “Interaction of L-Alanine and L-Valine aminoacid molecules with phospholipid bilayer. Molecular Dynamics Simulation” New Electronic Journal of Natural Sciences, 2010, 2:3-8. PDF
  24. Hakobyan P.K., Poghosyan A.H., Shahinyan A.A. “The properties of Glycophorin A transmembrane helices in erythrocyte asymmetric membrane. A molecular dynamics study”. New Electronic Journal of Natural Sciences, 2010, 1(14):36-40. PDF
  25. Акопян П.К., Гарабекян Г.А., Погосян А.Г., Шагинян А.А. “Моделирование и динамическое исследование фрагмента упрощенной мембраны эритроцита при помощи компьютерного эксперимента”. Биологический журнал Армении, 2010, 62(1):6-14.  PDF
  26. Шагинян А.А., Арсенян Л.Г., Погосян А.Г., Шагинян К.А. “Исследование динамической структуры вещества при помощи высокопроизводительных вычислений” 22-23, Пятая Сибирская конференция по параллельным и высокопроизводительным вычислениям: Программа и тезисы докладов (1-3 декабря 2009 года). Томск, 2009. PDF
  27. Hakobyan P.K. “Molecular Dynamics simulation of complex phospholipid bilayer with cholesterol”. New Electronic Journal of Natural Sciences. 2009, 2 (13):58-62. PDF
  28. Arsenyan L.H. “Some problems of molecular dynamics study of sodium pentadecyl sulfonate/water lyotropic system”. New Electronic Journal of Natural Sciences2009, 1(12): 4-6. (AN 39230744) PDF
  29. Poghosyan A.H., Shahinyan A.A. “A new parameter for validation molecular dynamics simulation (MD) data”. Computer Physics Communications, 2009, 180(2):238-240. PDF
  30. Poghosyan A.H., Arsenyan L. H., Gharabekyan H. H., Koetz J., Shahinyan A. A. “Molecular dynamics study of poly diallyldimethylammonium chloride (PDADMAC)/sodium dodecyl sulfate (SDS)/decanol/water system”. The Journal of Physical Chemistry B. 2009, 113(5):1303-1310. PDF
  31. Arsenyan L.H., Poghosyan A. H., Shahinyan A. A. “A molecular dynamics simulation of Sodium pentadecyl sulphonate (SPDS)/water system”. Preprint The Abdus Salam ICTP. Italy, 2008, pp. 1-10. IC/2008/045 PDF
  32. Petrosyan T.G., Poghosyan A. H., Shahinyan A. A. “The Two Dimensional Discrete Model of Membranes”, New Electronic Journal of Natural Sciences20072:23-28. PDF
  33. Poghosyan A.A., Yeghiazaryan G. A., Gharabekyan H.H., Koetz J., Shahinyan A.A. “A molecular dynamics study of Na–dodecylsulfate/water liquid crystalline phase”. Molecular Simulation2007, 33(14):1155–1163. PDF
  34. Poghosyan A.H, Gharabekyan H.H, Shahinyan A.A. “Molecular Dynamics Simulation of DMPC/DPPC mixed bilayers”. International Journal of Modern Physics C (IJMP C)2007, 18(1): 73-89. PDF
  35. Шагинян A. A., Гарабекян Г. А., Погосян А. Г., Арсенян Л. Г. “Исследование некоторых задач молекулярной биологии и химии поверхностно-активных соединений при помощи компьютерного эксперимента, проведенного на Армкластере”, Четвертая Сибирская школа-семинар по параллельным и высокопроизводительным вычислениям, Томск, 9—11 октября 2007, стр. 94-107, PDF
  36. Gharabekyan H.H. “The features of water molecules in mixed phospholipid bilayer: A Molecular Dynamics study” New Electronic Journal of Natural Sciences20062(7):42-44 PDF
  37. Poghosyan A.H., Yeghiazaryan G. A., Gharabekyan H. H. Shahinyan A. A. “The GROMACS and NAMD software packages comparison”. Communications in Computational Physics (CiCP). 2006, 1:736-743. PDF
  38. Yeghiazaryan G.A., Poghosyan A.H., Shahinyan A.A. “The water molecules orientation around the dipalmitoylphospatidylcholine head group: A molecular dynamics study”. Physica A2006, 362:197-203. PDF
  39. Yeghiazaryan G.A., Poghosyan A. H., Shahinyan, A. A. “Structural and Dynamical Features of hydrocarbon chains of Dipalmitoylphosphatidylcholine (DPPC) Molecules in Phospholipid Bilayers: A Molecular Dynamics Study” New Electronic Journal of Natural Sciences, 2005, 1:44-50. PDF
  40. Shahinyan A.A., Poghosyan A.H., Yeghiazaryan G.A., Gharabekyan H.H. “MDesigner: A Software Tool for Construction of Biomembranes”. New Electronic Journal of Natural Sciences20041:56-60. PDF
  41. Poghosyan A.H., Yeghiazaryan G.A., Shahinyan K.A., Shahinyan A.A. “Investigation of Surface of Phospholipid Bilayer: A Molecular Dynamics Study” New Electronic Journal of Natural Sciences20031:8-14. PDF
  42. Погосян А.Г., Бадалян Г.Г., Шагинян А.А. “Влияние внешнего электростатического поля на конформацию макромолекулы, содержащей заряженные группы”. Биофизика2000, 45(1):5-10. PDF
  43. Shahinyan A.A., Poghosyan A.H. and Badalyan H.G. “Computer simulation of structural changes in phospholipid bilayers”. International Journal of Modern Physics C, 2000, 11(1):153-156. PDF
  44. Poghosyan A.H. ”Structural Changes in Phospholipid Membranes”. The Collected Articles of Young Scientists. 2000, 2:44-47. PDF

 

Կոնֆերանսների թեզեր

 

  1. Poghosyan A. H., Shahinyan A. A. “Frequency dependence scaling on K40 GPU. A GROMACS benchmarking”. KSCMBS’16  Khujand Symposium on Computational Materials and Biological Sciences, 24-28 September, Khujand 2016, Tajikistan, PDF
  2. Shahinyan А.А., Gevorgyan D.S., Topuzyan V.O., Poghosyan  A.H. “Molecular dynamics (MD) and drug design: Investigation of dynamic behavior of molecular components near the enzyme active site of  Butyrylcholinesterase (BCHE)”. KSCMBS’16  Khujand Symposium on Computational Materials and Biological Sciences, 24-28 September, Khujand 2016, Tajikistan, PDF
  3. Shahinyan A.A., Arsenyan L.H., Poghosyan A.H. “Dynamics of naphthalene molecules accumulation in ionic spheric micelle with nano – heterogeneous structures formation. Molecular dynamics study”. The International Conference “Electron, Positron, Neutron and X-ray Scattering Under External Influences”, Book of Abstracts, 14-16 September, Yerevan 2015, Armenia, PDF
  4. Шагинян А.А., Геворкян Д.С., Топузян В.О., Погосян А.Г. “Динамика взаимодействия молекулярных компонентов (белка, субстрата и ингибитора реакции) в ферментативной системе, исследованной методом молекулярной динамики”. IV Международная конференция “СОВРЕМЕННЫЕ ПРОБЛЕМЫ ХИМИЧЕСКОЙ ФИЗИКИ”, 5-9 октября, Ереван 2015, Армения, PDF
  5. Шагинян A. A., Погосян А. Г., Арсенян Л.Г. “ Исследование процесса расщепления агрегатов поверхностно-активного вещества на мицеллы, в воде методом молекулярно-динамического моделирования”.  IV научная конференция армянского химического общества: Достижения и проблемы, 7-11 октябрь 2014., стр. 17-20.Ереван-Ванадзор, Армения, PDF
  6. Шагинян A. A., Арсенян Л.Г., Погосян А. Г. “Молекулярно-динамическое исследование механизма образования и структуры молекулярных ассоциатов в водном растворе амфифильных соединений”, Международная конференция “СОВРЕМЕННЫЕ ПРОБЛЕМЫ ХИМИЧЕСКОЙ ФИЗИКИ” посвященная 50-летию Института химической физики им. А.Б. Налбандяна, 9-12 октября,  Ереван 2012, Армения, PDF
  7. Shahinyan A.A., Arsenyan L.H., Poghosyan A.H. “The Study of Phase Diagram of the Surfactant/Water System by Molecular Dynamics Simulation”, Book of Abstracts of 5th Japan – Russia International Workshop “Molecular Simulation Studies in Material and Biological Sciences”, 9-12 September, Dubna 2012, pp. 32-33, Russia, PDF
  8. Poghosyan A.H.,Arsenyan L.H., Hakobyan P.K., Groda Y.G and Vikhrenko V.S., “Conformation and Diffusion Peculiarities of Polyvinyl Alcohol Molecule”, Abstract of Iran – Belarus International Conference on  “Modern Applications of Nanotechnology (IBCN12)”, 27-29 June, Minsk 2012, Belarus, PDF  
  9. Погосян А. Г., Арсенян Л.Г., Акопян П.К., Вихренко В.С., Грода Я.Г.  “Корреляционные особенности молекули поливил пироллидона”. Материалы Международной научно-технической конференции Автоматичский контроль и автоматизация производственных процессов, 17-18 Май, Минск 2012, стр. 311-313., Беларусь, PDF
  10. Poghosyan A. H., Arsenyan L. A., Astsatryan H. V. “Comparative NAMD benchmarking on BlueGene/P”. MIPRO, 2012 Proceedings of the 35th International Conventionpp. 319-322., Opatija, Croatia.
  11. Shahinyan A.A., Arsenyan L.H., Poghosyan A.H. “The Study of lyotropic liquid crystal structure using the molecular dynamics simulation method”. Proceedings of 14th International Topical Meeting Optics of Liquid Crystals, 25th Anniversary, 25. Sept- 1 Oct.,Yerevan 2011, Armenia, O-19.
  12. Hakobyan P.K., Poghosyan A. H., Shahinyan A. A. “Structural Analysis of Glycophorin A Transmembrane Protein of Erythrocyte”. Book of Abstracts of International Conference On Electrons, Positrons, Neutrons and X-Rays Scattering Under External Influences, 17-22 October 2011, pp. 242-244, Yerevan-Meghri, Armenia, PDF
  13. Arsenyan L. A., Poghosyan A. H., Shahinyan A. A. “The molecular dynamics study of coagel phase of sodium pentadecyl sulfonate (SPDS) water system”. Book of Abstracts of International Conference On Electrons, Positrons, Neutrons and X-Rays Scattering Under External Influences, 17-22 October 2011, Yerevan-Meghri, Armenia, PDF
  14. Арсенян Л.Г., Погосян А.Г., Шагинян А.А.,  “Молекулярно-динамическое исследование структуры микроэмульсии воды, стабилизированной додецилсульфатом натрия, в растворе толуол/пентанол”. II научная конференция армянского химического общества: Новые материалы и процессы, Октябрь 2010., стр. 11-14.,Ереван-Горис, Армения, PDF
  15. Hakobyan P.K., Gharabekyan H.H., Poghosyan A.H., Shahinyan A.A. “The modeling of dynamic structure of complex systems using molecular dynamics method by the example of the erythrocyte cell membrane”Book of Abstracts of International Conference On Electrons, Positrons, Neutrons and X-Rays Scattering Under External Influences, October 2009, pp. 60-61. Yerevan-Meghri, Armenia
  16. Shahinyan A.A., Arsenyan L.H., Hakobyan P.K., Gharabekyan G.H. “Molecular dynamics study of biological membranes and lyotropic liquid crystals”. Proceedings of Third International Workshop SSMBS’08 “Molecular Simulation Studies in Material and Biological Sciences”, Dubna 2008, pp.14-15.,Russia
  17. Shahinyan A. A., Arsenyan L. H., Poghosyan A. H., Shahinyan K. A. “Molecular Dynamics Study of Lyotropic Liquid Crystals”. Proceedings of Conference Modern Problems of Chemical Physics, 21-24 October, 2008,  pp. 14-15.Yerevan,,Armenia
  18. Arsenyan L. A., Poghosyan A. H. “Molecular Dynamic Simulation of Aqueous Solution of Detergent”. Proceedings of Conference Perspectives for Development of Mol. And Cell. Biol.”, 5-6 May, 2008,  p. 51., Yerevan,Armenia
  19. Шагинян A. A., Погосян А. Г., Гарабекян Г. А. “Компьютерное моделирование клеточной мембраны эритроцита: исследование методом молекулярной динамики”. Медицинская лабораторная диагностика (достижения и перспективы развития), сборник статей, 2006, стр. 132-133, Ереван, Армения.
  20. Shahinyan A.A., Poghosyan A.H., Gharabekyan H.H. “Computational Membranology: Molecular Dynamics Study of Erythrocyte Membrane” Proceedings of International Conference “Advanced Biotechnologies: Perspectives of Development in Armenia” July 11 – 14, 2006, Tsakhkadzor, Armenia.
  21. Shahinyan A.A., Poghosyan A.H., Gharabekyan H.H., Shahinyan K.A.”Simulation of Erythrocyte Membrane. Molecular Dynamics Study”. Proceedings of International Workshop “Molecular Simulation Studies in Material and Biological Sciences”, MSSMBS 2006, September, 2006, Dubna, Russia. 
  22. Гарабекян Г.А., Егиазарян Г.А. “Сравнение производительности программных пакетов молекулярной динамики NAMD и GROMACS при симуляции фосфолипидных бислоев на Армкластере”. Информационные технологии, международная молодежная конференция, Сборник материалов, 2005, стр. 242-247. Ереван, Армения
  23. Yeghiazaryan G.A., Poghosyan A.H., Shahinyan A.A., Gharabekyan H.H. “Computer Simulation of Phospholipid Membrane Bilayer on ARMCLUSTER”, Fifth International Conference on Computer Science and Information Technologies (CSIT 2005), 19-23 September, 2005,Yerevan,Armenia
  24. Shahinyan A.A., Poghosyan A.H., Yeghiazaryan G.A., Shahinyan K.A. “Computational Membranology. Molecular Dynamics Study of Phospholipid Bilayer” Proceedings of International Workshop MSSMBS’04 “Molecular Simulation Studies in Material and Biological Sciences”, Dubna, September 9-102004, p.9.Russia
  25. Yeghiazaryan G. A., Poghosyan A. H., Shahinyan A.A. “Computer Membranology. Molecular Dynamics Simulation of Phospholipid Membranes”, Fourth Conference on Computer Science and Information Technologies, 22-26 September, 2003,Yerevan,Armenia.
  26. Poghosyan A.H. “The water Molecule Orientational Features Near the Dipalmitoylphosphatidylcholine Head Group: A Molecular Dynamics Study”. Book of Abstracts of International Conference On Statistical Physics and Dynamical Systems: Methods and Applications, 18-23 September 2003,  p.6. Nor-Amberd, Armenia,
  27. Poghosyan A. H., Astsatryan H. V., Adamyan M.O., Afrikian E. G. “Relational Database of Microbial Bioidegradants” Modern Problems of Biol. Degrad. of Materials2002, 1:127-130.
  28. Погосян А.Г., Шагинян А.А “Двумерная задача моделирование липидных мембран и плоские мицелл” Доклады – Третья международная конференция CSIT2001, 2001, стр. 414-417, Ереван, Армения.

 

Գրքեր

 

  1. Mechanism of Interaction of Macromolecules with Surfactant Micelles in Aqueous Solution: A Molecular Dynamic Simulation -in Chapter 5. – Shahinyan A.A., Arsenyan L. H., Poghosyan A.H. Computational Materials and Biological Sciences; Editor: Kholmirzo T. Kholmurodov (Joint Institute for Nuclear Research – Dubna, Russia), Nova Publishers, 2015. PDF
  2. Models in Bioscience and Materials Research: Molecular Dynamics and Related Techniques -in Chapter 5. – Shahinyan A.A., Arsenyan L. H., Poghosyan A.H. The Study of Phase Diagram of the Surfactant/Water System by Molecular Dynamics Simulation; pp. 71-79 Editor: Kholmirzo T. Kholmurodov (Joint Institute for Nuclear Research – Dubna, Russia), Nova Publishers, 2013. PDF
  3. Molecular Dynamics of Nanobiostructures -in Chapter 3. – Shahinyan A.A., Hakobyan P.K., Poghosyan A.H. Molecular Dynamics Study of Human Red Blood Cell Membrane; pp. 43-62 Editor: Kholmirzo T. Kholmurodov (Joint Institute for Nuclear Research – Dubna, Russia), Nova Publishers, 2013. PDF
  4. Պողոսյան Ա.Հ., Շահինյան Ա.Ա. “Համակարգչային կենսաբանություն և կենսաինֆորմատիկա, Մ. Ա. : Մոլեկուլային դինամիկա և մոդելավորում”– Եր. : Նաիրի, 2011, 208 էջ – ISBN 978-5-550-01639-8.
  5. Molecular Simulation Studies in Materials and Biological Sciences – in Chapter 4. – Shahinyan A.A., Shahinyan K.A., Poghosyan A.H., Yeghiazaryan G.A. Computational Membranology: Molecular Dynamic Study of Phospholipid Membranes; pp. 31-39 Editor: Kholmirzo T. Kholmurodov (Joint Institute for Nuclear Research – Dubna, Russia), Nova Publishers, 2007. PDF