Ներբեռնումներ

Այստեղ դուք կարող եք գտնել մեր կողմից ուսումնասիրված որոշ համամակարգերի կոորդինատային և պարամետրական ֆայլերը: Կոորդինատային ֆայլերը տրված են .pdb կամ .gro ֆորմատներով: Այստեղ բերված ֆայլերի օգտագործման դեպքում խնդրում ենք հղում կատարել համապատասխան հոդվածին (տե՛ս Հրատարակումներ բաժինը): Իհարկե, մենք չենք կարող երաշխավորել, որ ֆայլերը անթերի կաշխատեն ձեր ուսումնասիրությունների շրջանակներում, քանզի ցանկացած մոդել յուրահատուկ է, և հնարավոր է՝ ներկայացված մոդելները ոչ լիովին են համապատասխանում ձեր պահանջներին և անհրաժեշտություն են զգում որոշակի փոփոխությունների: Ինչևէ, ձեր կողմից թերությունների հայտնաբերման կամ ֆայլերի հասանելիության հետ կապված ցանկացած խնդրի դեպքում խնդրում ենք տեղեկացնել մեզ՝ առաջացած խնդրի շուտափույթ լուծման նպատակով:

Կոլոիդ համակարգեր և Պոլիմերներ
sds128_w29.gro	Նատրիումի դոդեցիլ սուլֆատ(ՆԴՍ)/ջուր համակարգի սկզբնական կոնֆիգուրացիայի միացյալ ատոմական .gro ֆայլը՝ բաղկացած 128 ՆԴՍ և 3750 ջրի մոլեկուլներից (հիդրատացիան՝ ~29 ջուր մեկ ՆԴՍ մոլեկուլին):
sds512_w29.gro	ՆԴՍ/ջուր համակարգի սկզբնական կոնֆիգուրացիայի միացյալ ատոմական .gro ֆայլը՝ բաղկացած 512 ՆԴՍ և 15000 ջրի մոլեկուլներից (հիդրատացիան՝ ~29 ջուր մեկ ՆԴՍ մոլեկուլին):
sds512_w29_all_atom.pdb	ՆԴՍ/ջուր համակարգի սկզբնական կոնֆիգուրացիայի լրիվ ատոմական .pdb ֆայլը՝ բաղկացած 512 ՆՊԴՍ և 15000 ջրի մոլեկուլներից (հիդրատացիան՝ ~29 ջուր մեկ ՆՊԴՍ մոլեկուլին)՝ կառուցված NAMD ծրագրային փաթեթի համար:
sds.itp	ՆԴՍ մոլեկուլի տոպոլոգիական ֆայլը:
spds128_random_w17.pdb	Նատրիումի պենտադեցիլ սուլֆոնատ(ՆՊԴՍ)/ջուր համակարգի սկզբնական կոնֆիգուրացիայի .pdb ֆայլը՝ բաղկացած ծավալային ջրում պատահականորեն դասավորված 128 ՆՊԴՍ և 2251 ջրի մոլեկուլներից:
spds128_mic_263mM.gro	128 ՆՊԴՍ մոլեկուլներից բաղկացած հավաարակշռության վիճակում գտնվող միցել ջրային լուծույթում (263մմոլ ՆՊԴՍ կոնցենտրացիա). միացյալ ատոմական .gro ֆայլը:
spds.itp	ՆՊԴՍ մոլեկուլի տոպոլոգիական .itp ֆայլը:
PVP.gro PVP.itp	Պոլի վինիլ պիրրոլիդոն (ՊՎՊ) պոլիմերի 408 մոնոմերներից և ջրի 32018 մոլեկուլներից բաղկացած համակարգի միացյալ ատոմական կոորդինատային .gro և տոպոլոգիական .itp ֆայլերը 100նվ փորձից հետո:
PVA.gro PVA.itp	Պոլի վինիլ սպիրտ (ՊՎՍ) պոլիմերի 1024 մոնոմերներից և ջրի 31029 մոլեկուլներից բաղկացած համակարգի միացյալ ատոմական կոորդինատային .gro և տոպոլոգիական .itp ֆայլերը 100նվ փորձից հետո:
Inverse_mic_PDAD.pdb	ՆԴՍ հակադարձ միցել տոլուեն/պենտանոլ խառնուրդային լուծույթում կատիոնիկ պոլի դիալլիլդիմեթիլամոնիումի քլորիդի (ՊԴԱԴՄԱՔ) առկայությամբ: Սկզբնական կոնֆիգուրացիայի .pdb ֆայլը:
SDS_PDAD_50ns.pdb	ՊԴԱԴՄԱՔ/ՆԴՍ/Դեկանոլ/ջուր համակարգի լրիվ ատոմական .pdb ֆայլը 50նվ փորձից հետո (NAMD փաթեթ):
micelle_fission.gro micelle_fission.avi	192 ՆՊԴՍ/40553 ջուր համակարգի միացյալ ատոմական կոորդինատային .gro ֆայլը մոտ 0.5մվ փորձից հետո: Ներկայացված է նաև միցելի կիսումը:
micelle_self_assembly_CG.gro spds_CG.itp micelle_fusion_CG.avi	95ՆՊԴՍ/~5000 ջուր համակարգի գրանուլային կոորդինատային .gro և տոպոլոգիական .itp ֆայլերը մի քանի միլիվարկյան փորձից հետո: Առկա է նաև միցելի ինքնահավաքման պրոցեսը:
Կենսաբանական համակարգեր
dppc72_w33.pdb dppc72_w33.psf	Դիպալմիթոիլ ֆոսֆատիդիլխոլին (ԴՊՖԽ) երկշերտի լրիվ ատոմական .pdb և CHARMM .psf ֆայլերը (72 լիպիդներ 2393 ջրի մոլեկուլներով, ~ 33 ջուր մեկ լիպիդի հաշվով, սկզբնական կոնֆիգուրացիա):
dppc128_w28.pdb dppc128_w28.psf	ԴՊՖԽ երկշերտի լրիվ ատոմական .pdb և CHARMM .psf ֆայլերը (128 լիպիդներ 3702 ջրի մոլեկուլներով, ~ 28 ջուր մեկ լիպիդի հաշվով, սկզբնական կոնֆիգուրացիա):
dppc512_w29.pdb	512 ԴՊՖԽ/14808 ջուր համակարգի սկզբնական կոնֆիգուրացիա. միացյալ ատոմական .pdb ֆայլ (մի քանի պվ փորձից հետո):
dppc1024_w30.pdb	1024 ԴՊՖԽ/31136 ջուր համակարգի սկզբնական կոնֆիգուրացիա. միացյալ ատոմական .pdb ֆայլ:
dmpc128_w28.pdb dmpc128_w28.psf	Դիմիրիսթոիլ ֆոսֆաիդիլխոլին (ԴՄՖԽ) երկշերտի լրիվ ատոմական .pdb և CHARMM .psf ֆայլերը (128 լիպիդային, 3626 ջրի մոլեկուլներ, ~28 ջուր մեկ լիպիդի հաշվով, սկզբնական կոնֆիգուրացիա):
dppe128_w33.pdb dppe128_w33.psf	Դիպալմիթոիլ ֆոսֆատիդիլէթանոլամին (ԴՊՖԷ) երկշերտի լրիվ ատոմական .pdb և CHARMM .psf ֆայլերը (128 լիպիդային, 4325 ջրի մոլեկուլներ, ~33 ջուր մեկ լիպիդի հաշվով, սկզբնական կոնֆիգուրացիա):
dppc25_dmpc75_w33.pdb	96 ՊՄՖԽ և 32 ԴՊՖԽ (հարաբերակցությունը՝ 3:1) լիպիդներ 4248 ջրի մոլեկուլներով. սկզբնական կոնֆիգուրացիա, լրիվ ատոմական .pdb ֆայլ:
dppc50_dmpc50_w33.pdb	64 ՊՄՖԽ և 64 ԴՊՖԽ (հարաբերակցությունը՝ 1:1) լիպիդներ 4253 ջրի մոլեկուլներով. սկզբնական կոնֆիգուրացիա, լրիվ ատոմական .pdb ֆայլ:
dppc75_dmpc25_w33.pdb	32 ՊՄՖԽ և 96 ԴՊՖԽ (հարաբերակցությունը՝ 1:3) լիպիդներ 4234 ջրի մոլեկուլներով. սկզբնական կոնֆիգուրացիա, լրիվ ատոմական .pdb ֆայլ:
128_PC_PE_mixed_w33.pdb 128_PC_PE_mixed_w33.psf	Խառը ֆոսֆոլիպիդային երկշերտ՝ բաղկացած.  26 ՊՕՊԷ (1-պալմիթոիլ-2-օլեոիլ-գլիցերո-3-Ֆոսֆատիդիլէթանոլամին-16:0/18:1 ՖԷ), 32 ՍԱՖԷ (1-սթիրոիլ-2-արախիդոնոիլ-գլիցերո-3-Ֆոսֆատիդիլէթանոլամին-18:0/20:4 ՖԷ), 36 ՊՕՖԽ (1-պալմիթոիլ-2-օլեոիլ-գլիցերո-3-Ֆոսֆատիդիլխոլին – 16:0/18:1 ՖԽ), 34 ՍՕՖԽ (1-ստիրոիլ-2-օլեոիլ-գլիցերո-3-Պհոսֆատիդիլխոլին – 18:0/18:1 ՖԽ) և 2997 ջրի մոլեկուլներից: Սկզբնական կոնֆիգուրացիա, լրիվ ատոմական .pdb և CHARMM .psf ֆայլերը:
PC_PE_mixed_with_prot.pdb	21 ՊՕՊԷ/ 24 ՍԱՖԷ / 25 ՊՕՖԽ/ 24 ՍՕՖԽ/ 2998 ջրի մոլեկուլներով խառը ֆոսֆոլիպիդային երկշերտ՝ ներդրված Գլիկոֆորին A սպիտակուցով (տրանսմեմբրանային հատված). սկզբնական կոնֆիգուրացիա, լրիվ ատոմական .pdb ֆայլ:
Erythrocyte.pdb	Մարդու արյան կարմիր էրիթրոցիտի թաղանթի ոչ սիմետրիկ մոդելը՝ բաղկացած 252 ֆոսֆոլիպադային/խոլեստերոլի մոլեկուլներից և ԳԼիկոֆորին A սպիտակուցի տրանսմեմբրանային հատվածից (24:0 ՍՄ լինգոցերոիլ սֆինգոմիելին (ԼՍՄ); 16:0 ՍՄ հեքսադեկանոիլ սֆինգոմիելին (ՀՍՄ); 1-ստիրոիլ-2-արախիդոնոիլ-գլիցերո-3-ֆոսֆատիդիլսերին (ՍԱՖՍ); 1-ստիրոիլ-2-դոկոսահեքսանոիլ-գլիցերո-3-ֆոսֆատիդիլսերին (ՍԴՖՍ);1-ստիրոիլ-2-օլեոիլ-գլիցերո-3-ֆոսֆատիդիլէթանոլամին (ՍՕՖԷ); 1-ստիրոիլ-2-արախիդոնոիլ-գլիցերո-3-ֆոսֆատիդիլէթանոլամին (ՍԱՖԷ); 1-պալմիթոիլ-2-օլեոիլ-գլիցեր-3-ֆոսֆատիդիլխոլին (ՊՕՖԽ); 1-ստիրոիլ-2-օլեոիլ-գլիցերո-3-ֆոսֆատիդիլխոլին (ՍՕՖԽ); խոլեստերոլ) 80 նվ փորձից հետո, լրիվ ատոմական մոդելթ:

 

Մենք նաև  ցանկանում ենք ներկայացնել մի քանի հղումներ, որտեղ կարելի է գտնել տոպոլոգիաների և կոորդինատների վերաբերյալ հավելյալ տվյալներ:

Prof. Tieleman’s group (lipid coordinates & topologies)

Computational Molecular Biophysics Group at Georg-August-Universität (lipid/cholesterol complexes)

Laboratory of Molecular & Thermodynamic Modeling, University of Maryland(free programs, lipid bilayer & topologies)

Joakim P. M. Jämbeck & Alexander P. Lyubartsev, Stockholm University (lipid coordinates & .itp topologies)

Professor Mikko Karttunen’s Group (Softsimu, simulation parameters, FF & configuration)

Prof. Siewert-Jan Marrink’s Group (gro, mdp & itp)

Laboratory of Computational Chemistry, Masaryk University (lipids, water, ions, .gro & .top) 

Roland Faller Research Group (pdb & gro) 

Scott Feller’s Group (lipids) 

Helmut Heller, POPC pdbs